Lamarck, el gran naturalista

Podía tener una gran capacidad de interpretación de la vida dado que era un naturalista y trabajaba con las especies, logrando enormes avances en Botanica y Zoologia. Pese al limitado conocimiento de la epoca, que él logro ampliar enormemente, podía entender mejor a la vida y su evolución intrinseca mucho mejor que aquellos que ven especies u organismos discretos luchando entre sí y con el ambiente. Lamarck legó un gran cúmulo de conocimientos a la biología que reunió gracias a la capacidad observacional y analítica de un naturalista. Continue reading



This text  is part of a book chapter:
Salvucci.2013. Crohn´s Disease within the Hologenome Paradigm, in “Crohn’s Disease: Classification, Diagnosis and Treatment Options”, Nova Publishers, 2013 (you can find the complete book here)

In 1990, Dr Erika von Mutius compared the rate of allergies in children of Democratic Germany and Federal Germany and she found that, contrary to their initial hypothesis, poor children with low sanitary conditions and rural life had fewer incidences of allergies. By those times, Dr Stachman who was working with hay fever, postulated that a previos viral infection in children could result in higher risk to develop allergies, but the results he found rejected this hypothesis. Population groups that have either been vaccinated or infected with mycobacteria (Bacillus Calmette-Guerin (BCG)) have shown to an association with a reduced risk to develop allergic disorders (Strachan, 1989). Recently, more works support the hypothesis of exposition to mild infections reduces the incidence of atopic diseases.

These researches lead to postulate the Hygiene hypothesis also called the “old friends hypothesis” that considers that the interaction in early life with different microorganisms (Bacteria, Virus, Eukarya) results in a less risk to develop allergies and atopic diseases.

Either by cell number or by genome size the microbiota outnumbers their host. The hologenome theory coined by Zilberg-Rosenberg and Rosenberg (2008) considers that the host and their microbiome constitute a unity, the holobiont. This superorganism is a result of cohabitation of different organism integrated as one, and could be considered a result of symbiopoiesis, or codevelopment of the host and symbiont (Rosenberg and Zilber-Rosenberg, 2011; Gilbert et al. 2010; Rohwer et al., 2002; Margulis and Foster, 1991).  The genetic contribution of the microbiome is more than 100000 genes that provide numerous trials not encoded in our genome (Dumas, 2011).

This evolutionary approach that considers any organism a result of integration with microorganisms has many implications and it is related to the Bioma Depletion Theory (a kind of enlargement of the “hygiene hypothesis”) that considers that human (and all mammals) and their microbiome evolved as a “superorganism” (Kinross et al., 2008; Rook, 2009). The immune system can be seen as an interface with their symbiotic organisms that have co-evolved more than a defense against invading organisms. The widely appreciated medical care in combination with technology, increased the occurence of allergic disorders, autoimmune diseases and left us an over-reactive immune response caused by a loss and separation of our partners, our microbiome that normally interact with our immune system (Figure 1) (Kau et al., 2011; Garn and Renz, 2007).

These partners involve not only the commensal bacteria, but also metazoans “parasites” and millions of virus. Bacteria comprising the microbiome have mobile elements that include plasmids, transposons, integrons, bacteriophages (Jones, 2010) that constitute the mobilome (Siefert, 2009). This genetic pool and the horizontal gene transfer within the microbiome is a key factor of the microbiome activity and constitute the dynamic response to the environment leading to the adaptation of the holobiont. It fuels the adaptive potential of the whole holobiont (Figure 1). The metabolism of microbiome and the host are intertwined constituting an integrated organism. In multicellular eukaryotes, transposition, genome reorganizations, retrovirus extrusion or insertion, etc. must be taking place in the germ line to result in a structural or metabolic change. Somatic cells have an intragenomic dynamics in response to environmental conditions.

me cago en wordpress

Figure 1. The superorganism or holobiont is the result of integration of pre-existing systems: Mobile elements or “mobilome” respond to the environmental factors with dynamic movement between genomes that constitutes a key mechanism for metabolic and structural changes on microbiome. The metabolism of microbiome and the host are intertwined constituting an integrated organism (holobiont). The medical care, use of antibiotics, technology and western way of life, resulted in a change and lost of our microbiome and an increased occurence of autoimmune and metabolic diseases that are related with an immune disbalance (Modified from Salvucci, 2011).

Vannier-Santos and Lenzi (2011) explain that taking into account that organisms identified as “parasites” are almost the 80% of known species and considering that all the theoretical explanation obtained are based on just a little part of the total organisms that exist (Windsor, 1998), we can refer to parasites as cohabitants since this close interaction drives the evolution and existence of the organisms (Vannier-Santos and Lenzi, 2011). Microbes and helmints that normally are understood as parasites have cohabited with their host and they are even greater than the host. If nature is a continuous battle bacteria and parasites should have won a long time ago. Considering that Life exists as a net, as a process (Maturana and Varela, 1999) it is possible to say that no organisms are a free-living specie sensu stricto.

The host and its symbiotic microbiota acts in cooperation (thus cooperation becomes a priority instead of competition). Even when Zilber-Rosenberg and Rosenberg, 2008 suggests that it should be considered a unit of selection in evolution and they remarks that the theory is in agreement with darwinism, the hologenome theory represent a holistic approach that considers each specie or organism as a result of an integration and this mechanism is observed at every level of nature: insertional activities of virus, bacterial, viral and archaeal DNA in eukaryotic genomes, endosymbiotic relationships and holobionts. This paradigm (like symbiogenesis of Merenchovzky and Margulis) contrasts with the observable facts in nature against the individualistic, selfish and economist conception of darwinism.

The hologenome theory and the holistic approaches like the concept of autopoiesis coined by Maturana and Varela (Varela et al., 1974) and Lynn Margulis` endosymbiotic theory (Margulis and Fester, 1991) are related in understanding the evolution of life as integrative processes.  The concept of autopoiesis considers a living system as a dynamic composite entity, a unity as a closed network of productions of components in a way that through interactions in composition and decomposition, the components: a) recursively constituted the same network of production that produced them, and b) specify the extension of the network and constitute operational boundaries that separate it as a dynamic unity in a space defined by elements of the kind of those that compose it (Maturana, 2002). The word autopoiesis connotes the organization of living systems as closed networks of molecular production. The endosymbiotic theory explains the emergence of organelles and nucleus of eukariotyc cells. These theoric frameworks and the hologenome theory explains that the existence of each organism is the consequence of integration of pre-existing organisms (or parts), but the result is more than the sum of the parts. Any organism is the result of an inherent property of autoorgnanization and autopiesis. The genome of each organism is the result of combination of bacterial, virus and eukaryotic DNA. Finally, any organism is the result of the interaction of their own genome with the genome of the organisms that co-evolved with it. In the case of mammals, the principal organism or “host” is the result of integration with their microbiota (constituting the holobiont), and their metabolisms were and are intertwined (as a “superorganism”) along evolution. (Vannier-Santos and Lenzi, 2011; Kau et al., 2009; Tilg and Kaser, 2011; Gazla and Carracedo, 2009; Zilber-Rosenberg and Rosenberg, 2008).

Microbial eukaryotes in the human gut have been studied primarily from a parasitological point of view and are generally considered to impact negatively on human health (Parfrey et al. 2011). Biome depletion theory could explain that these cohabitants were necessary to maintain the homeostasis of the superorganism or holobiont.

Nowadays, several diseases are considered the new epidemics. The incidence of a group of diseases have increased since the industrial era. These are related to a hyperreactive immune system and this unbalance is related to the separation of our partners along the last thousands years. The immune balance was maintained by the microbiota that humans have been losing with modern medicine, new technologies and changes in the way of life.

Autoimmune diseases like type 1 diabetes, artritis, lupus and inflammatory related diseases like infflamatory bowel disease (IBD), diabetes, asthma could be treated with a biome restoring process that could be done by probiotic administration. The genetic background necessary to develop any of these illnesses (intrinsic factors) is directly and closely related and influenced by the metabolism of microbiota (extrinsic factors) (Tilg and Kaser, 2011; Proal et al., 2009).

The importance of Bacteria on health was recognized along the last twenty years. It was observed the healthy status of people from different regions in where there was a high intake of fermented products. The benefits of different foods, that were known for centuries, leaves to the discover of different bacterial strains, mainly, Lactic Acid Bacteria that were postulated, after many studies, as probiotics (Fujimura et al., 2010).

Probiotics are defined today as ‘live microorganisms which, when administered in adequate amounts, confer a beneficial health effect on the host’. They could be bacterial cells like lactic acid bacteria or eukaryotic microorganisms like helminths. A reductionist perspective leads to the study of different strains that could restore or specifically get a benefit. There are several studies related to determine the mechanism and products involved in the benefit that could be ensured by the action of one bacteria strain (Fujimura et al., 2010; Dominguez Bello and Blaser, 2008).

The study of probiotics, since their beginning and nowadays, is directed to use an  specific strain that restores one symptom or disease. The hologenome theory considers us as a superorganism, added it with the biome depletion theory show us that what it is unbalanced is the entire immune system and the reasons of the increase of incidence and the probable therapies, would be analyzed taking account that we need to restore a whole microbiome and not search an specific strain for each disease. Of course, this is impossible because we are now, without those lost partners, a different holobiont. But, what we can do is to change our reductionist and incomplete view and research to know and understand the complete microbiome in each health/disease situation. And with this, try to figure out which are the accurate therapies.

El secuestro

Esta entrada forma parte de un articulo publicado en Revista Ciencia Tecnología y Sociedad.


El darwinismo se gestó a partir de los conceptos y la visión (capitalista, neoliberal) malthusiana de que las enfermedades y la escasez de alimento actúan como reguladores de la población favoreciendo a los mas aptos en una continua lucha por la vida. Darwin escribió su libro “Sobre el origen de las especies por medio de la selección natural, o el mantenimiento de las razas favorecidas en la lucha por la existencia (1859) basado en la teoría de Malthus, y en las expresiones de Herbert Spencer: “como se producen más individuos de los que es posible que sobrevivan, tiene que haber forzosamente, una lucha por la existencia (…) Es la doctrina de Malthus aplicada con multiplicada fuerza a la Naturaleza” (Darwin, 1859). Y en otra parte, escribe: “he llamado a este principio por el cual se conserva toda variación pequeña, cuando es útil, selección natural para marcar su facultad con la selección del hombre. Pero la expresión usada por Herbert Spencer de que sobreviven los más idóneos es más exacta”. Sumó a esto, unas cuantas observaciones realizadas por ciertos investigadores y observadores, y su experiencia en con animales domésticos y plantas cultivadas. Como afirma Sandín: “la idea expresada con más convicción en la obra de Darwin es la extrapolación de las actividades de ganaderos y agricultores a los fenómenos de la naturaleza”. El mismo autor advierte “en la actualidad, el fenómeno se ha acentuado de modo paralelo al afianzamiento del modelo económico basado en la libre competencia y en el azar como director, hasta el punto de que no sólo afecta al marco teórico de la investigación biológica, sino a los objetivos y al uso que se da a los resultados” (Sandín, 1997).


En plena revolución industrial, Darwin observaba el crecimiento de la miseria y la pobreza, y estuvo influido y ligado a las políticas de laissez faire, propulsadas por Adam Smith, que proponían la menor intervención estatal (se postulaba hasta dejar de crear escuelas) a fin de que “naturalmente” se elimine a los desposeídos mediante una libre competencia.  La mano invisible del mercado se recreó en la Biología, a partir de Darwin, como la mano invisible de la acientífica selección natural. Con ella se pretendió y se pretende explicar el complejo proceso evolutivo. La economía secuestró de esta manera a la biología. Es debido a esta justificación de la explotación, base de la economía inglesa por aquellos años, la principal fuerza propulsora del darwinismo hasta su estado actual de dogma intocable. De hecho, la política expansionista e imperialista inglesa fue lo que llevó a que barcos como el Beagle, en el que viajó Darwin, inspeccionasen la naturaleza de Sudamérica.

Digámoslo claramente: El libro de Darwin fue un record de ventas (1250 ejemplares en su primera edición) debido a la segunda parte del título (la que generalmente se omite) en el cual la sociedad victoriana de la época encontró una infame explicación biológica a la explotación del hombre por el hombre y la existencia de seres “más aptos” o superiores. El concepto de raza superior era ahora justificado como “ley natural”. Pese a que los dogmáticos darwinistas nos relatan que Darwin encontró rechazo entre la jerarquía eclesiástica, y actualmente se sigue alimentando el falso debate darwinismo-creacionismo, Darwin fue apoyado por el X-club, una agrupación de la época integrada entre otros por Joseph Dalton Hooker, Thomas Henry Huxley, John Lubbock y Herbert Spencer que propulsaban las ideas darwinistas y contaban con un poder notable al controlar la Royal Society (Burton, 1998).

Tras el secuestro, las consecuencias han sido desastrosas para la biología, alejándose del desarrollo de la ciencia como la practicaban los antiguos naturalistas. Entre ellos Jean Baptiste-Pierre Antoine de Monet, chevallier de Lamarck, el creador del término Biología y el primero en formular una teoría acabada de la Evolución en su libro publicado en 1809, Philophie Zoologique. El hecho de que se soslayó el trabajo anterior a Darwin, en el cual la evolución ya era objeto de estudio, y hasta se despreció de manera tan abyecta la tarea de los naturalistas como es el caso de Lamarck, a quien se lo despacha livianamente con el ejemplo de las jirafas, nos habla que el relato oficial esconde algo más que una ingratitud hacia esos científicos. En muchos casos, el ninguneo va acompañado con la ferocidad innecesaria y la descalificación más grosera. ¿Por qué entonces, se nos mintió tanto tiempo? ¿Por qué se inventó a un genio en Darwin y hasta se lo conoce como el “inventor” de la evolución? Podemos entrever parte de la respuesta en los intereses que gestaron y formaron (o deformaron en) la Teoría Sintética de la Evolución, cargada de ideología y sostenida actualmente por intereses bastante alejados de la intención pura y honesta de explicar e investigar los fenómenos de la naturaleza.


La crisis del Paradigma

La biología se encuentra en crisis. Actualmente carece de un marco teórico que permita explicar los descubrimientos que se multiplican en los diferentes centros de investigación del mundo. El paradigma darwinista dominante, con su visión mercantilista de la naturaleza, provocó un alejamiento de la realidad y los complejos procesos naturales. La Biología se encuentra sin explicaciones frente a la complejidad de la naturaleza puesta en evidencia con cada descubrimiento y sin la posibilidad de controlar las consecuencias de lo que se intenta manipular, llevada hasta aquí por este dogma central de la biología, la teoría darwinista. La necesidad de reformular una explicación de la evolución, sin embargo, es ignorada o peor aún, desacreditada por los férreos defensores de la denominada teoría sintética de la evolución. También conocida como síntesis moderna integra el mecansmo de selección natural de Charles Darwin, la genética de Gregor Mendel como base de la herencia biológica, la mutación aleatoria como fuente de variación y la genética de poblaciones matemática. La teoría sintética atribuye a cambios aleatorios en el material genético, la fuente de variación (todo ocurre por el más completo azar) generando cambios en las especies seleccionadas de manera gradual.

Pero sucede que esta síntesis es incapaz de explicar los complejos procesos que constituyen la evolución, o para decirlo más apropiadamente, la transformación de las especies. Aquí hay que mencionar que es un error igualar los términos evolución y darwinismo: la evolución es un hecho comprobado, en tanto que el darwinismo es una teoría que pretende explicar la evolución, basándose en la selección natural, un mecanismo vagamente definido cuyo origen se remonta a la práctica de los ganaderos y criadores que seleccionaban características anormales en función de sus intereses. Según esta hipótesis, la Naturaleza ejercería una misma selección de los seres “más aptos”. El doctor Máximo Sandín, bioantropólogo de la Universidad Autónoma de Madrid, asegura en su artículo “Teoría Sintética, Crisis y Revolución”, que “a partir de los descubrimientos de la Genética Molecular, y especialmente de la Genética del Desarrollo, la implicación de elementos móviles, virus endógenos, secuencias repetidas, genes homeóticos convirtieron lo que eran discrepancias con el registro fósil y la observación de las especias, en una abierta y clara contradicción entre la basa teórica y los datos observados” (Sandín, 1997).  La teoría darwinista de la selección natural no es científica porque es una tautología. Un artículo muy interesante al respecto es el de Robert Peters, publicado en 1976, titulado “Tautología en evolución y Ecología”. El autor expresa que la teoría de la selección natural, un concepto nunca definido claramente por Darwin, determina que sobreviven los más aptos, pero ¿los más aptos para qué? Para sobrevivir. Lo cual constituye una clara tautología. Peters argumenta además que una teoría debe ser capaz de establecer predicciones acerca de los resultados o posdicciones cuando se trata de inferencias en el pasado, criterio que no cumple la selección natural concluyendo que esta “teoría” no es científica (Peters, 1976).

Las pruebas evolutivas aportadas por la ontogenia, las aportadas por el registro fósil, los homeoboxes, las novedades morfológicas, la transferencia horizontal, la integración de genomas, la presencia en alto porcentaje de genes bacterianos y virales en los genomas eucariotas, la respuesta al ambiente y los fenómenos epigenéticos, los sistema autoorganizados, son algunos de los aspectos que conforman el cúmulo de conocimientos que no pueden ser explicados por la teoría de la competencia, la selección natural, las mutaciones puntuales y el azar darwinistas. Los continuos descubrimientos confirman que la complejidad de la naturaleza y un proceso tan complejo como es la evolución no pueden explicarse por un mecanismo tan simple como lo es la selección natural. La idea de la selección natural es poderosa por ser tan simple. Las remodelaciones embriológicas y genómicas que construyen la evolución no parecen estar para nada explicadas con la supervivencia de los mas aptos (los menos aptos también reproducen), y con ese escenario guerrerista en que hasta los genes (palabra que hoy no tiene una clara definición dado que una secuencia de nucleótidos aislada y sin un contexto, no significa mucho) compiten. Tal como señala el doctor Sandín en su artículo “Una nueva Biología para una nueva sociedad”, “el más grave daño del darwinismo fue el de convertir unos prejuicios culturales en conceptos científicos” (Sandín, 2009:559). Y el daño de esta visión deformada de la realidad no se ha limitado al ámbito científico. La selección natural va ligada a la concepción darwinista de que en la naturaleza todo es competencia, mientras que en los laboratorios las observaciones de cooperación, asociaciones simbióticas e integración de sistemas que intervienen en cada proceso celular (sistemas complejos) dejan poco margen a los errores aleatorios (Sandín, 2002; Buchanan, 2009).

Entre los científicos críticos del dogma dominante, se encuentran algunos darwinistas que intentaron explicar las falacias de la teoría dominante como Stephen Jay Gould y Lynn Margulis, el primero estableciendo la teoría del equilibrio puntuado y oponiéndose al gradualismo darwinista y la segunda estableciendo el papel fundamental de la simbiosis en los mecanismos evolutivos. Otros científicos que denuncian los orígenes e intenciones tras la máscara científica del Darwinismo se encuentran además de Sandín, Michael Behe, Niles Eldredge, Mauricio Abdalla y Guillermo Agudelo Murguia, entre otros. Algunos de ellos, propusieron y/o proponen la necesidad de establecer un marco teórico que permita explicar la evolución y permitir un nuevo enfoque y abordaje de las investigaciones y descubrimientos (Abdalla, 2006). Los científicos que, con gran espíritu crítico, exponen las falacias del dogma dominante planteando nuevas teorías con sustento científico, han recibido como respuestas por parte de los acérrimos defensores del pensamiento hegemónico, una mezcla de desprecio, ataques personales, y etiquetamientos de sus pensamientos, a fin de evitar una discusión seria, confirmando el vacío del sustento teórico actual y/o la incapacidad de comprensión y apertura por parte de los autodenominados grandes exponentes de la biología. Tales reacciones, sumada al elogio exacerbado de la figura de Darwin, adjudicándole una genialidad, originalidad, y hasta poderes de “iluminación” mental a partir del cual “todo esta ya explicado” rechazando cualquier uso de la razón, pone en evidencia lo que afirma Agudelo Murguia describiendo al darwinismo como la religión derivada del culto a Darwin (Agudelo Murguía, 2006).

Puede resultar decepcionante comprender que el sustento de la biología es una especie de nebulosa, una inercia científica y una imposición de un dogma cuyo origen es el sistema económico liberal. Plantear la necesidad de un sustento teórico nuevo que explique los complejos fenómenos evolutivos es imperioso. De la misma manera que la física sufrió etapas de crisis ante los nuevos descubrimientos y ante la incapacidad del paradigma dominante de explicarlos surgieron nuevas concepciones, nuevos paradigmas, es el momento de que lo mismo ocurra en la Biología, que permanece estancada en tautologías, en el mercantilismo y la soberbia ausencia de autocrítica.

Es curioso que simultáneamente la economía mundial atraviese una de sus mayores crisis, como una ironía de la historia. La historia que enlaza la economía a la Biología, o viceversa, se empezó a trazar en el pensamiento de Thomas Malthus, Adam Smith y Herbert Spencer, y se continuó con la extrapolación, por Charles Darwin, de aquellas teorías a la naturaleza.


ABDALLA, Maurício (2006): “La crisis latente del darwinismo”. Asclepio, LVIII-1. CSIC Madrid.

AGUDELO MURGUÍA, Guillermo (2006): “¿Es el darwinismo una religión?”. Página del Instituto de Investigación sobre Evolución Humana.

BUCHANAN AV, SHOLTIS S, RICHTSMEIER J, WEISS KM (2009): “What are genes `for´ or where are traits `from´? What is the question?” Bioessays; Vol. 31, nº 2, pp. 198–208.

DARWIN, Charles (1859): El origen de las especies (Del origen de las especies por medio de la Selección Natural, o la conservación de las razas favorecidas en la lucha por la vida). Buenos Aires, Ediciones Libertador, Centro Editor de Cultura, 2003.

LAMARCK, J.B. de M. (1809): Filosofía Zoológica. (Traducción al español). España, Editorial Alta Fulla, 1986.

Peters, RH. 1976. Tautology in evolution and ecology. American Naturalist 110:1-12.

SANDÍN, Máximo (1997): “Teoría sintética: Crisis y revolución”. Arbor, nº 623-624. Tomo CLVIII. CSIC. Madrid.

SANDÍN, Máximo (2000): “Sobre una redundancia: El darwinismo social”. Asclepio Vol. LII, nº 2, pp. . CSIC Madrid.

SANDÍN, Máximo (2002): “Una nueva biología para una nueva sociedad”. Política y Sociedad, Vol 39, nº 3, pp. 537-573.